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premier5官方版為有生物研究需求的用戶打造的資料查詢平臺,特色的引物功能能更好的去檢索所需數(shù)據(jù)。有了該軟件的支持,你就能更好的去處理關(guān)于生物方面的實驗,是實驗室的好幫手。
Primer Premier5是由加拿大Premier Biosoft公司開發(fā)的分子生物學(xué)引物設(shè)計軟件,主要用于設(shè)計PCR(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))引物。
1、在本站下載解壓壓縮包,得到Premier5 64位安裝包和注冊機(jī);
2、打開"Primer Premier 5"文件,找到EXE文件點擊開始,軟件無需安裝,打開即可使用;
3、打開軟件之后將會彈出以下界面,點擊Active Product按鈕,看到一個2位數(shù)的Machine ID;
4、把Machine ID輸入Primer Keygen,點擊Generate生成激活碼;
5、把激活碼輸入Primer Premier,點擊ok即可彈跳出成功的指示;
1、進(jìn)入軟件之后,主界面如下圖所示;
2、點擊下雨紅框里面的Primer;
3、點擊下圖紅框里面的Search,設(shè)置好了之后,點擊OK;
4、點擊Align,可以進(jìn)行快速的轉(zhuǎn)換,點擊OK即可轉(zhuǎn)換。
一、引物設(shè)計
1、打開DNA序列后點擊按鈕primer,出現(xiàn)“search criteria”窗口,有多種參數(shù)可以調(diào)整
2、搜索目的(Seach For)有三種選項,PCR 引物(PCR Primers)、測序引物(Sequencing Primers)和雜交探針(Hybridization Probes)
3、搜索類型(Search Type)可選擇分別或同時查找上、下游引物(Sense/Anti-sense Primer,或Both),或者成對查找(Pairs),或者分別以適合上、下游引物為主(Compatible with Sense/Anti-sense Primer)。另外還可改變選擇區(qū)域(Search Ranges),引物長度(Primer Length),選擇方式(Search Mode),參數(shù)選擇(Search Parameters)等等
4、使用者可根據(jù)自己的需要設(shè)定各項參數(shù)。如果沒有特殊要求,建議使用默認(rèn)設(shè)置。然后按search,隨之出現(xiàn)的Search Progress 窗口中顯示Search Completed 時,再按OK,這時搜索結(jié)果以表格的形式出現(xiàn),有三種顯示方式,上游引物(Sense),下游引物(Anti-sense),成對顯示(Pairs)。默認(rèn)顯示為成對方式,并按優(yōu)劣次序(Rating)排列,滿分為100,即各指標(biāo)基本都能達(dá)標(biāo)
二、限制性酶切點分析及基元查找功能
1、其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切點分析及基元查找功能比較簡單,點擊該功能按鈕后,選擇相應(yīng)的限制性內(nèi)切酶或基元(如-10 序列,-35 序列等),按確定即可
2、常見的限制性內(nèi)切酶和基元一般都可以找到,你還可以編輯或者添加新限制性內(nèi)切酶或基元
三、引物修飾編輯
1、在需要對引物進(jìn)行修飾編輯時,如在5’端加入酶切位點,可點擊,然后修改引物序列
2、若要回到搜索結(jié)果中,則點擊按鈕。如果要設(shè)計簡并引物,只需根據(jù)源氨基酸序列的物種來源選擇前述的八種遺傳密碼規(guī)則,反推至DNA 序列即可
3、對簡并引物的分析不需像一般引物那樣嚴(yán)格
4、總之,“Premier”有優(yōu)秀的引物自動搜索功能,同時可進(jìn)行部分指標(biāo)的分析,而且容易使用,是一個相當(dāng)不錯的軟件
四、引物點擊
1、點擊其中一對引物,如第1#引物,并把上述窗口挪開或退出,顯示“Peimer Premier”主窗口,所得結(jié)果分三部分,
2、模板及產(chǎn)物位置,中間是所選的上下游引物的一些性質(zhì),最下面是四種重要指標(biāo)的分析,包括發(fā)夾結(jié)構(gòu)(Hairpin),二聚體(Dimer),錯誤引發(fā)情況(False Priming),及上下游引物之間二聚體形成情況(Cross Dimer)
3、當(dāng)所分析的引物有這四種結(jié)構(gòu)的形成可能時,按鈕由變成,點擊該按鈕,在左下角的窗口中就會出現(xiàn)該結(jié)構(gòu)的形成情況
4、一對理想的引物應(yīng)當(dāng)不存在任何一種上述結(jié)構(gòu),因此最好的情況是最下面的分析欄沒有,只有。值得注意的是中間一欄的末尾給出該引物的最佳退火溫度
特異性分析:
檢測引物自互補性、二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等問題,避免非特異性擴(kuò)增。
引物設(shè)計:
自動生成 PCR引物、測序引物、雜交探針等,支持簡并引物設(shè)計(根據(jù)氨基酸保守序列反推DNA序列)。
多重設(shè)計:
針對同一模板設(shè)計多重引物,提升實驗靈活性。
參數(shù)優(yōu)化:
可設(shè)置引物長度、GC含量、退火溫度(Tm值),確保PCR效率與準(zhǔn)確性。
1、該軟件分為四大塊,尤其常用的是引物設(shè)計、限制性內(nèi)切酶位點分析和DNA 基元(motif)查找
2、給專業(yè)人員帶來的極大的便利,立足點按照引物設(shè)計的基本原則,只是更加快速和自動化而已
3、我們可以直接提交模板序列到特定網(wǎng)頁,如著名的primer3,得到設(shè)計好的引物,也可以在本地計算機(jī)上運行引物設(shè)計專業(yè)軟件
適用于分子生物學(xué)實驗中的引物設(shè)計需求,如測序驗證、基因克隆等,可顯著提高實驗成功率。
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